リンコマイシン塩酸塩は、感受性のあるグラム陽性菌の治療に用いられます。特に、ペニシリン耐性で本剤に感受性のある感染症の治療に有効です。例えば、豚赤痢、流行性肺炎、関節炎、豚丹毒、子豚の赤・黄・白下痢などが挙げられます。また、豚の解熱作用も有します。
リンコマイシンは、リンコサミド系の静菌性狭域スペクトル抗生物質であり、嫌気性細菌および感受性グラム陽性好気性細菌、特にブドウ球菌属および連鎖球菌属による感染症の治療に用いられます。リンコマイシンは骨組織への浸透性に優れているため、骨髄炎の治療にも使用されます。